酶標儀實際上就是一臺變相光電比色計或分光光度計，其基本工作原理與主要結構和光電比色計基本相同. 圖示是一種單通道自動進樣的酶標儀工作原理圖.光源燈發出的光波經過濾光片或單色器變成一束單色光，進入塑料微孔極中的待測標本.該單色光一部分被標本吸收，另一部分則透過標本照射到光電檢測器上，光電檢測器將這一待測標本不同而強弱不同的光信號轉換成相應的電信號.電信號經前置放大，對數放大，模數轉換等信號處理后送入微處理器進行數據處理和計算，后由顯示器和打印機顯示結果. 微處理機還通過控制電路控制機械驅動機構X方向和Y方向的運動來移動微孔板，從而實現自動進樣檢測過程.而另一些酶標儀則是采用手工移動微孔板進行檢測，因此省去了X,Y方向的機械驅動機構和控制電路，從而使儀器更小巧，結構也更簡單.

步，酶標儀后部的電源開關打開，儀器將顯示自檢，基礎酶聯，軟件版本號

第二步，等待數秒后，熒屏顯示“基礎酶聯，準備和時間”,工作人員心須詳細閱讀儀器操作使用說明書,將被測樣品板放入酶標盤中，同時打開與酶標儀相連的打印機開關

第三步，“測量模式”鍵：進入選擇波長程序,屏幕顯示":基礎酶聯",""1單長波檢測"",通過上下鍵選擇單長波和雙長波檢測

第四步，按開始開始鍵,啟動閱讀功能,酶標儀開始對樣品板進行檢測

第五步，讀數完畢,打印機開始打印結果